离婚时两套房两个孩子的判决会综合考虑多方面因素。依据《婚姻法》及相关司法解释，法院将依据孩子年龄、双方协商及孩子意愿判决，不及时处理可能导致孩子成长环境不稳定，影响身心健康。
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处理此类问题，常见方式有协商和诉讼两种。双方可首先尝试协商，达成一致后签订协议；协商不成则通过诉讼，由法院根据法律规定判决，以确保孩子权益最大化。