公证书作废不等同于主合同作废。公证书只是证明合同的真实性和合法性，合同效力由合同内容决定。根据《合同法》规定，合同自成立时生效，公证非必要条件。若公证书作废，合同仍可能有效，但可能影响证据效力。不及时处理可能导致纠纷和法律责任。
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公证书作废后，主合同处理方式有：1. 双方协商重新公证；2. 如无争议，可继续履行合同；3. 有争议时，可寻求法律途径解决。选择哪种方式取决于双方意愿和合同具体内容。建议咨询专业律师，确保双方权益。
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公证书作废不影响合同。操作建议：1. 重新公证：双方协商一致，携带有效证件和合同原件到公证处办理。2. 继续履行：确保双方无异议，按合同约定执行。3. 法律途径：有争议时，可向法院起诉或选择仲裁，依据合同条款和法律规定解决纠纷。