公司因多次迟到扣1000多元，需视具体情况判断。依据《劳动法》，迟到扣工资需由公司规章制度规定，且罚款数额需合法。若扣款过高，可能侵犯员工权益，引发劳动争议。
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迟到扣款需分析。操作如下：1.查看公司规章制度，确认扣款依据；2.若扣款合理，接受处理；3.若不合理，先与公司沟通，要求解释扣款原因；4.沟通无果，向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，维护自身权益。
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处理迟到扣款问题，常见方式有协商、投诉或仲裁。首先尝试与公司协商；若协商无果，可向劳动监察部门投诉；仍无法解决，可申请劳动仲裁，依据《劳动法》维护权益。