只有公司公章的合同通常有效。依据《合同法》，盖章即视为合同主体的签名认可，若无特别约定或法律特别规定，合同自盖章时成立并有效。不及时处理可能导致合同权益无法保障，产生纠纷。
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合同只有公章，处理方式包括确认公章真实性并履行，或补充签字。选择时需考虑合同重要性及对方信用，重要合同或对方信用不佳时，建议补充签字以增强法律效力。
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只有公章合同也有效。处理时：1. 首先确认公章真实且合同内容无误；2. 若合同重要或涉及大额交易，建议双方再签字确认；3. 保存好合同原件及公章使用记录，以备不时之需；4. 如遇纠纷，及时咨询律师并准备相关证据。